明代，吴堡先隶于陕西布政使司延安府葭州，洪武七年(1374)十一月改隶于绥德州。洪武十年(1377)五月，废县并入绥德州。洪武十三年(1380)十一月恢复县制，隶于延安府葭州。

清初划全国为19行省。顺治元年(1644)，吴堡由陕西省延安府直隶，雍正三年(1725)，隶于陕西省延安府葭州，乾隆元年(1736)，改隶于绥德直隶州。